Verso la metà del 1500, il cardinale Ippolito II d'Este,
fratello del duca Ercole II, la scelse come sua abitazione e commissionò l'ammodernamento delle sale del piano nobile, decorate con straordinarie grottesche.
A seguito delle soppressioni post-unitarie degli ordini religiosi, nel 1866 l'edificio passò al Demanio dello Stato.
Nel 1872 le Clarisse rientravano nel monastero, mentre la Casa passava in proprietà al Comune di Ferrara che vi alloggiò famiglie senza tetto.
Dopo un lungo periodo di decadimento, l’edificio fu acquistato dallo Stato e salvato così dalla demolizione proposta dal Comune nel 1894.