La sorella di Giovanni, Laodomia, fu fatta decapitare per aver favorito la relazione tra Ugo d'Este e Laura Malatesta, detta Parisina, la figlia del signore di Cesena che a soli 14 anni fu sposata a Niccolò III, di trent'anni più anziano di lei. Nel maggio del 1424, Parisina si innamorò corrisposta di uno dei suoi figliastri, Ugo. Scoperti, i due furono decapitati la notte del 21 maggio 1425. La modalità di esecuzione per decapitazione, riservata ai nobili, è indice dell'alta posizione familiare acquisita dai Romei.
Giovanni ebbe numerosi figli naturali che vennero tutti, a diverse riprese, legittimati: il maschio primogenito Borso, avuto da tale Maria, legittimato nel 1457; Lucrezia (di Angela), legittimata nel 1469; Pietro (nato da Bianca) e Francesco. I figli ed i nipoti, infatti, perché potevano essere utilizzati come strumento per stringere legami, anche attraverso matrimoni, con importanti famiglie ferraresi.
La sorte di Giovanni presso la corte ducale ebbe alterne fortune. Nel 1472 gli venne inflitta una multa di 12.000 fiorini per aver battuto moneta falsa. Due anni dopo, tenne a battesimo la figlia di Ercole d’Este ed Eleonora d'Aragona, Isabella, futura marchesa di Mantova.